BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Reverse

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Come posso fare il complemento inverso di una sequenza o di una SymbolList?

Per ottenere il complemento inverso di una DNA SymbolList o si una DNA Sequence basta utilizzare il metodo statico DNATools.reverseComplement(SymbolList sl). Un metodo equivalente è presente all'interno della classe RNATools per effettuare la stessa operazione sulle Sequences e le SymbolList basate sull'RNA.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class ReverseComplement {
  public static void main(String[] args) {
 
    try {
      //make a DNA SymbolList
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgcacgggaactaa");
 
      //reverse complement it
      symL = DNATools.reverseComplement(symL);
 
      //prove that it worked
      System.out.println(symL.seqString());
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      //viene sollevata una eccezione se non vengono utilizzati i Simboli previsti dallo IUB
      ex.printStackTrace();
    }catch (IllegalAlphabetException ex) {
      //questa eccezione viene sollevata se si cerca di effettuare il complemento inverso di
      //una non DNA (non RNA) Sequence utilizzando DNATools (RNATools)
      ex.printStackTrace();
    }
  }
}