BioJava:CookBookItaliano:Sequence:SubSequence

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Contents 1 Come posso ottenere una parte di una Sequenza? 1.1 Ottenere una Sub - Sequence 1.2 Stampa una Sub - Sequence 1.3 Codice completo

Come posso ottenere una parte di una Sequenza?

In genere, data una sequenza, che sia nucleotidica o proteica, noi potremmo essere solamente interessati ad esaminare o le prime 10 basi o una regione compresa fra 2 punti. Come è possibile stampare una sotto-sequenza su un OutputStream come lo StdOut?

Biojava utilizza un sistema di coordinate biologiche per identificare le basi. La prima base ha indice 1 e l'ultima ha indice uguale alla lunghezza totale della sequenza; a differenza degli indici assegnati ai caratteri di una stringa che partono da 0 fino a (lunghezza totale - 1). Se si cerca di accedere ad una regione al di fuori di (1..lunghezza totale) viene sollevata una eccezione di tipo IndexOutOfBoundsException.

Ottenere una Sub - Sequence

    SymbolList symL = null;
 
    //codice per generare una SymbolList
 
    //prendo il primo simbolo
    Symbol sym = symL.symbolAt(1);
 
    //le prime tre basi
    SymbolList symL2 = symL.subList(1,3);
 
    //le ultime tre basi
    SymbolList symL3 = symL.subList(symL.length() - 3, symL.length());

Stampa una Sub - Sequence

    //stampo le ultime tre basi di una SymbolList o di una Sequence
    String s = symL.subStr(symL.length() - 3, symL.length());
    System.out.println(s);

Codice completo

import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;
 
public class SubSequencing {
  public static void main(String[] args) {
    SymbolList symL = null;
 
    //creo una RNA SymbolList
    try {
      symL = RNATools.createRNA("auggcaccguccagauu");
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      ex.printStackTrace();
    }
 
    //prendo il primo simbolo
    Symbol sym = symL.symbolAt(1);
 
    //prendo le prime tre basi
    SymbolList symL2 = symL.subList(1,3);
 
    //prendo le ultime tre basi
    SymbolList symL3 = symL.subList(symL.length() - 3, symL.length());
 
    //stampo le ultime tre basi
    String s = symL.subStr(symL.length() - 3, symL.length());
    System.out.println(s);
  }
}