BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Transcribe

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Come posso trascrivere una Sequenze di DNA in una Sequenza di RNA?

In BioJava le Sequences/SymbolList di DNA e RNA sono generate utilizzando alfabeti diversi. E' possibile passare da un alfabeto DNA a uno RNA utilizzando il metodo transcribe() in RNATools.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
 
public class TranscribeDNAtoRNA {
 
   public static void main(String[] args) {
 
      try {
       //crea a DNA SymbolList
       SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");
 
       //la converto in RNA (questo metodo è deprecato dopo BioJava 1.4)
       symL = RNATools.transcribe(symL);
 
       //(dopo BioJava 1.4 si utilizza questo metodo)
       symL = DNATools.toRNA(symL);
 
       //verifichiamo il funzionamento
       System.out.println(symL.seqString());
      }
      catch (IllegalSymbolException ex) {
            //questa eccezione viene sollevata se viene utilizzato
            //un simbolo che non è previsto dallo IUB per la creazione del DNA
              ex.printStackTrace();
      }catch (IllegalAlphabetException ex) {
       //questa eccezione viene sollevata se si cerca e/o trascrive un non DNA SymbolList
         ex.printStackTrace();
      }
   }
}