BioJava:CookbookFrench:Alphabets

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Comment obtenir un Alphabet d'ADN, d'ARN ou de Protéine?

Dans BioJava, les Alphabets sont des collections de Symbols. Les alphabets courants en biologie (ADN, ARN, protéine, etc.) sont enregistrés avec le AlphabetManager de BioJava au démarrage et sont accessibles par leur nom (DNA, RNA et PROTEIN respectivement). Les alphabets d'ADN, d'ARN et de protéines peuvent aussi être obtenus en utilisant des méthodes statiques retrouvées dans les classes DNATools, RNATools et ProteinTools respectivement. Ces deux approches sont utilisées dans l'exemple ci-dessous.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import java.util.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class AlphabetExample{
  public static void main(String[] args){
     Alphabet dna, rna, prot;
 
     // obtenir l'alphabet d'ADN par son nom
     dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");
 
     // obtenir l'alphabet d'ARN par son nom
     rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");
 
     // obtenir l'alphabet des acides aminés par son nom
     prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");
 
     //obtenir l'alphabet des acides aminés par nom, en incluant
     // le Symbol * de terminaison
     prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");
 
     //obtenir les mêmes alphabets à partir des classes Tools correspondantes
     dna = DNATools.getDNA();
     rna = RNATools.getRNA();
     prot = ProteinTools.getAlphabet();
 
     //en incluant le Symbol *
     prot = ProteinTools.getTAlphabet();
   }
}