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Comment créer un Alphabet sur mesure à partir de Symbols crées aussi sur mesure?

Cet exemple présente la création d'un Alphabet appellé 'Binary' qui contiendra deux Symbols: zéro et un. L'Alphabet et les Symbols sur mesure peuvent alors être utilisé pour créer des SymbolLists, des Sequences, des Distributions, etc.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.*;
import java.util.*;
 
public class Binary {
  public static void main(String[] args) {
 
    // créer le Symbol "zero" sans annotation
    Symbol zero =
        AlphabetManager.createSymbol("zero", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
 
    // créer le Symbol "un", similaire
    Symbol one =
        AlphabetManager.createSymbol("one", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
 
    // regrouper les Symbols dans un Set
    Set symbols = new HashSet();
    symbols.add(zero); symbols.add(one);
 
    // créer l'Alphabet binaire: Binary
    FiniteAlphabet binary = new SimpleAlphabet(symbols, "Binary");
 
    // faire une itération sur les Symbols pour montrer que tout fonctionne
    for (Iterator i = binary.iterator(); i.hasNext(); ) {
      Symbol sym = (Symbol)i.next();
      System.out.println(sym.getName());
    }
 
    // il est pratique usuel d'enregistrer les Alphabets nouvellement
    // crées avec l'AlphabetManager
    AlphabetManager.registerAlphabet(binary.getName(), binary);
 
     /*
      * L'Alphabet nouvellement crée a été enregistré avec l'AlphabetManager
      * sous le nom de "Binary". Si vous cherchez une copie de l'objet avec cet alphabet, il 
      * devrait etre identique à celui qui l'a créer
      */
    Alphabet alpha = AlphabetManager.alphabetForName("Binary");
 
    // vérifier que les deux objets sont identiques
    System.out.println(alpha == binary);
  }
}