BioJava:CookbookFrench:Distribution:Custom

From BioJava

Comment créer un Alphabet sur mesure pour ensuite l'utiliser dans une OrderNDistribution?

Cet exemple illustre la création d'un Alphabet sur mesure de sept Symbols. Ces Symbols et Alphabet peuvent ensuite servir à créer des SymbolLists, des Sequences, des Distributions, etc. Lorsque le AlphabetManager crée le CrossProductAlphabet, il inferrera que l'alphabet conditionnant est d'ordre (ordre -1) et que celui de l'alphabet conditionné est de 1.

Contribution de Russel Smithies.

import java.io.*;
import java.util.*;
 
import org.biojava.bio.*;
import org.biojava.bio.dist.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.utils.*;
 
public class DistTest {
  public static void main(String[] args) throws Exception {
 
    //créer un Alphabet sur mesure pour les sept nains
    String[] dNames = {
        "Grumpy", "Sleepy", "Dopey", "Doc", "Happy", "Sneezy", "Bashful"
    };
    Symbol[] dwarfs = new Symbol[7];
    SimpleAlphabet dwarfAlphabet = new SimpleAlphabet();
 
    //donner un nom à ce nouvel Alphabet
    dwarfAlphabet.setName("Dwarf");
 
    for (int i = 1; i <= 7; i++) {
     try {
       dwarfs[i - 1] = 
        AlphabetManager.createSymbol((char) ("0" + i), "" + dNames[i - 1],Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
           //ajouter vos nouveaux Symbols à cet Alphabet
            dwarfAlphabet.addSymbol(dwarfs[i - 1]);
      }
     catch (Exception e) {
        throw new NestedError(e, "Can"t create symbols to represent dwarf");
      }
 
    // il est usuel (mais pas essentiel) d'enregistrer les 
    // Alphabets nouvellement crées avec l'AlphabetManager
    AlphabetManager.registerAlphabet(dwarfAlphabet.getName(), dwarfAlphabet);
 
    }

Créer une OrderNDstribution qui utilise l'Alphabet Dwarf fraichement crée.

    // ordre de la distribution
    int order = 3;
 
    // créer l'Alphabet des produits croisés
    Alphabet a = 
      AlphabetManager.getCrossProductAlphabet(Collections.nCopies(order, dwarfAlphabet));
 
    // utiliser OrderNDistributionFactory pour créer la Distribution
    OrderNDistribution ond = 
      (OrderNDistribution)OrderNDistributionFactory.DEFAULT.createDistribution(a);
 
    // créer le DistributionTrainer
    DistributionTrainerContext dtc = new SimpleDistributionTrainerContext();
 
    // enregistrer la Distribution avec l'entraineur
    dtc.registerDistribution(ond);

Voici comment créer une SymbolList à partir de l'alphabet Dwarf pour pouvoir tester notre nouvelle OrderNDistribution. Ceci se fait en fabriquant une UniformDistribution échantillonnée de manière aléatoire et en ajoutant les Symbols dans une ArrayList. L'ArrayList est ensuite utilisée pour construire la SymbolList.

    // créer une SymbolList aléatoire de nains
    UniformDistribution udist = 
       new UniformDistribution((FiniteAlphabet)dwarfAlphabet);
 
    int size = 100;
    List list = new ArrayList();
 
    for (int i = 0; i <  size; i++) {
      list.add(udist.sampleSymbol());
    }
 
    // créer une SymbolList pour tester la Distribution
    SymbolList symbl = new SimpleSymbolList(dwarfAlphabet, list);

La SymbolList est ensuite convertie en OrderNSymbolList pour permettre à une OrderNDistribution d'être creer avec elle.

    // convertir en OrderNSymbolList
    symbl = SymbolListViews.orderNSymbolList(symbl, order);
 
    // ou vous pourriez faire une SymbolList avec fenètre
    // symbl = SymbolListViews.windowedSymbolList(symbl, order);
 
    // ajouter les comptes à la Distribution
    for (Iterator i = symbl.iterator(); i.hasNext(); ) {
      try {
        dtc.addCount(ond, (Symbol) i.next(), 1.0);
      }
      catch (IllegalSymbolException ex) {
       // vous avez essayer d'ajouter un Symbol qui n'est pas dans votre Alphabet
        ex.printstacktrace()}
    }
 
    // n'oubliez pas votre entrainement ou aucune de vos valeurs ne sera ajouter
    dtc.train();
 
    //écrire la Distribution en XML
    XMLDistributionWriter writer = new XMLDistributionWriter();
 
    writer.writeDistribution(ond, new FileOutputStream("dwarf.xml"));
  }
}