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Comment écrire une Distribution en format XML?

Si vous construisez fréquemment des Distributions à partir de grands ensembles de données d'entrainement pour analyse, il est souhaitable de stocker ces Distributions pour un usage futur. Une possibilité est de sérialiser la distribution en format binaire. Cette sérialisation, si elle est idéale pour le stockage à court terme ou la communication entre Machines Virtuelles Java, est fragile et sujette à se briser entre différentes versions de BioJava. De plus, c'est un format impossible à vérifier pour l'oeil du programmeur. Une meilleure solution est d'écrire la Distribution en format XML, se qui assure une solution à long terme, lisible par le programmeur et indépendante du language de programmation utilisé.

L'exemple suivant montre comment une Distribution peut être écrite en XML et lûe à nouveau. Cet exemple demande une version récente BioJava puisque les classes XMLDistributionWriter et XMLDistributionReader sont de nouvelles additions. La version 1.3 ou plus récente est suffisante.

import java.io.*;
 
import org.biojava.bio.dist.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class Dist2XMLandBack {
public static void main(String[] args) {    
    XMLDistributionWriter writer = new XMLDistributionWriter();
    XMLDistributionReader reader = new XMLDistributionReader();
 
    try {
      File temp = File.createTempFile("xmltemp",".xml");
 
      //créer une Distribution à écrire
      Distribution d =
          DistributionFactory.DEFAULT.createDistribution(DNATools.getDNA());
 
      //donner à la Distribution des valeurs aléatoires
      DistributionTools.randomizeDistribution(d);
 
      //écrire sur "temp"
      writer.writeDistribution(d, new FileOutputStream(temp));
 
      //lire le XML
      Distribution d2 = reader.parseXML(new FileInputStream(temp));
 
      //vérifier ques les valeurs sont reproduites
      boolean b = DistributionTools.areEmissionSpectraEqual(d,d2);
      System.out.println("Are values reproduced? "+b);
    }
 
    catch (Exception ex) {
      ex.printStackTrace();
    }
  }
}