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Comment montrer les Features dans une interface graphique?

Les Features sont dessinés grâce à des implémentations de l'interface FeatureRenderer. Les FeatureRenderers fonctionnent comme les SequenceRenderers et s'occupent de dessiner les Features d'une Sequence contenue dans un SequenceRenderContext.

Un SequenceRenderContext n'a aucun moyen d'interagir directement avec un FeatureRenderer; pour se faire, un FeatureBlockSequenceRenderer est utilisé pour encapsuler le FeatureRenderer et agir comme intermédiaire.

L'utilisation d'un FeatureBlockSequenceRenderer et d'un FeatureRenderer sont monté dans le programme ci-dessous. Une capture d'écran suit le programme.

import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
import javax.swing.*;
 
import org.biojava.bio.*;
import org.biojava.bio.gui.sequence.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;
 
public class FeatureView extends JFrame {
  private Sequence seq;
  private JPanel jPanel1 = new JPanel();
  private MultiLineRenderer mlr = new MultiLineRenderer();
  private FeatureRenderer featr = new BasicFeatureRenderer();
  private SequenceRenderer seqR = new SymbolSequenceRenderer();
  private SequencePanel seqPanel = new SequencePanel();
 
  //l'intermédiaire entre featr et seqPanel
  private FeatureBlockSequenceRenderer fbr = new FeatureBlockSequenceRenderer();
  public FeatureView() {
    try {
      seq = DNATools.createDNASequence(
          "atcgcgcatgcgcgcgcgcgcgcgctttatagcgatagagatata",
          "dna 1");
      // créer une caractéristique entre 10 et 25
      StrandedFeature.Template temp = new StrandedFeature.Template();
      temp.annotation = Annotation.EMPTY_ANNOTATION;
      temp.location = new RangeLocation(10,25);
      temp.source = "";
      temp.strand = StrandedFeature.POSITIVE;
      temp.type = "";
      // créer une autre entre 30 et 35
      Feature f = seq.createFeature(temp);
      temp = (StrandedFeature.Template)f.makeTemplate();
      temp.location = new RangeLocation(30,35);
      temp.strand = StrandedFeature.NEGATIVE;
      seq.createFeature(temp);
      // initialiser l'interface
      init();
    }
    catch(Exception e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }
  public static void main(String[] args) {
    FeatureView featureView = new FeatureView();
    featureView.pack();
    featureView.show();
  }
 
  /**
   * initialiser les composantes de l'interface
   */
  private void init() throws Exception {
    this.setTitle("FeatureView");
    this.getContentPane().add(jPanel1, BorderLayout.CENTER);
    jPanel1.add(seqPanel, null);
    //Enregister le FeatureRenderer avec le FeatureBlockSequenceRenderer
    fbr.setFeatureRenderer(featr);
    //ajouter les Renderers au MultiLineRenderer
    mlr.addRenderer(fbr);
    mlr.addRenderer(seqR);
    //assigner le MultiLineRenderer comme routine de rendu graphique des SequencePanels
    seqPanel.setRenderer(mlr);
    //faire le rendu de la Sequence
    seqPanel.setSequence(seq);
    //afficher la Sequence complète
    seqPanel.setRange(new RangeLocation(1,seq.length()));
  }
 
  /**
   * Redéfinir pour permettre de terminer le programme lorsque la fenêtre est fermée
   */
  protected void processWindowEvent(WindowEvent we){
    if (we.getID() == WindowEvent.WINDOW_CLOSING) {
      System.exit(0);
    }
    else {
      super.processWindowEvent(we);
    }
  }
}