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Comment faire pour spécifier une position ponctuelle (PointLocation)?

Dans BioJava, les positions dans une Sequence sont spécifiées avec des objets qui implémentent l'interface Location.

Une position de type PointLocation est la position d'un unique symbole, qui l'inclut, dans une SymbolList ou une Sequence. Les positions de type PointLocation ont des constructeurs publiques et sont faciles à instantier. L'exemple suivant montre comment créer une PointLocation spécifiant un seul Symbol d'une SymbolList.

Note: Il faut se souvenir que BioJava utilise un système de coordonnées biologiques. Par conséquent, la première PointLocation possible d'une Sequence sera à l'index 1 et non 0.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class SpecifyPoint {
  public static void main(String[] args) {
    try {
      //créer une PointLocation désignant le 3ème résidu
      PointLocation point = new PointLocation(3);
      //imprimer cette position
      System.out.println("Location: "+point.toString());
 
      //creer une SymbolList
      SymbolList sl = RNATools.createRNA("gcagcuaggcggaaggagc");
      System.out.println("SymbolList: "+sl.seqString());
 
      //obtenir la SymbolList spécifiée par la  PointLocation point
      SymbolList sym = point.symbols(sl);
      //dans ce cas, la SymbolList ne contiendra qu'une seule base
      System.out.println("Symbol specified by Location: "+sym.seqString());
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      //création de sl avec un symbole illégal
      ex.printStackTrace();
    }
  }
}