BioJava:CookbookFrench:Locations:Range

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Comment faire pour spécifier une position par intervalle (RangeLocation)?

Dans BioJava, une RangeLocation est un objet qui contient les positions de départ (minimum) et de fin (maximum) d'une région sur une SymbolList ou une Sequence. Les minimum et maximum sont inclusifs.

L'exemple suivant montre l'utilisation d'une RangeLocation.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class SpecifyRange {
  public static void main(String[] args) {
    try {
      //créer une RangeLocation contenant les résidus 3 a 8
      Location loc = LocationTools.makeLocation(3,8);
      //imprimer la position désirée
      System.out.println("Location: "+loc.toString());
 
      //créer une SymbolList
      SymbolList sl = RNATools.createRNA("gcagcuaggcggaaggagc");
      System.out.println("SymbolList: "+sl.seqString());
 
      //obtenir la SymbolList specifiée par loc
      SymbolList sym = loc.symbols(sl);
      System.out.println("Symbols specified by Location: "+sym.seqString());
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      //symbole illégal utilisé pour créer sl
      ex.printStackTrace();
    }
  }
}