BioJava:CookbookFrench:Locations:Remove

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Comment supprimer un Feature d'une Sequence?

Lors du traitement d'un objet Sequence, il est possible que vous vouliez supprimer certains Features. L'exemple suivant, gracieusement offert par Keith James, montre comment faire pour supprimer tous les Features rencontrant un critère donné. Dans cet exemple, tous les Features sur le brin codant sont effacés.

import java.io.*;
import java.util.*;
import org.biojava.bio.*;
 
import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.seq.io.*;
 
public class RemoveFeatures
{
    public static void main(String [] argv) throws Exception
    {
        //lire un fichier EMBL
        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(argv[0]));
 
        SequenceIterator seqI = SeqIOTools.readEmbl(br);
 
        while (seqI.hasNext())
        {
            Sequence seq = seqI.nextSequence();
            //obtenir tous les Features sur le brin codant
            FeatureHolder fh =
                seq.filter(new FeatureFilter.StrandFilter(StrandedFeature.POSITIVE));
            //parcourir les Features
            for (Iterator i = fh.features(); i.hasNext();)
            {
                //et les supprimer 
                seq.removeFeature((Feature) i.next());
            }
            //pour finir, écrire la séquence éditée
            SeqIOTools.writeEmbl(System.out, seq);
        }
    }
}