BioJava:CookbookFrench:PDB:AtomCalc

From BioJava

Comment faire des calculs sur des Atomes présent dans un fichier PDB?

La classe Calc vous procure une série de méthodes permettant de faire divers calculs sur des Atomes.

public  double getPhi(Group a, Group b)
    throws StructureException
    {
 
        if ( ! Calc.isConnected(a,b)){
            throw new StructureException("can not calc Phi - AminoAcids are not connected!") ;
        } 
 
        Atom a_C  = a.getAtom("C");
        Atom b_N  = b.getAtom("N");
        Atom b_CA = b.getAtom("CA");
        Atom b_C  = b.getAtom("C");
 
        double phi = Calc.torsionAngle(a_C,b_N,b_CA,b_C);
        return phi ;
    }

BioJava possède également une classe utilisant un algorithm de superposition de structure protéique. Pour en savoir plus, consultez cette recette.