BioJava:CookbookFrench:PDB:Group

From BioJava

L'interface Group regroupe toutes les méthodes communes à un groupe d'atomes. On défini trois types de groupes d'atomes:

• AminoAcid
• Nucleotide
• Hetatom

Par exemple, pour obtenir la liste de tous les acides aminés observé dans une chaîne polypeptidique d'un fichier PDB, vous pouvez utiliser la méthode suivante:

Chain chain = s.getChainByPDB("A");
List<Group> groups = chain.getAtomGroups("amino");
 
for (Group group : groups){
   AminoAcid aa = (AminoAcid) group;
 
   // faite quelque chose de tres proteine-specifique, 
   // par exemple: afficher l'assignation de structure secondaire
   System.out.println(aa + " " + aa.getSecStruc());
}

De la même manière, vous pouvez accéder aux groupes de nucléotides ou au groupes d'hétéroatomes:

chain.getAtomGroups("nucleotide");

chain.getAtomGroups("hetatm");

Puisque les trois types de groupe implémentent l'interface Group, vous pouvez aussi faire une itération sur une liste de groupes afin d'en obtenir le type:

List<Group> allgroups = chain.getAtomGroups();
 
for (Group group : groups){
   if ( group instanceof AminoAcid){
	AminoAcid aa = (AminoAcid) group;
	System.out.println(aa.getSecStruc());
   }
}