BioJava:CookbookFrench:PDB:Mmcif
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Comment lire un fichier en format MMCIF?
MMCIF est une alternative à PDB comme format de description des données structurales( 1,2 ). Comme il n'est pas trivial d'écrire un logiciel de lecture pour ce format, BioJava contient les outils essentiels pour ce faire. Les fichiers en format MMCIF sont lus afin de créer le même type d'objets Structure crée à la suite de la lecture de fichiers en format PDB.
Pour lire un fichier en format mmCif, simplement utilisé le code suivant:
@depuis 1.7 public static void main(String[] args){ String file = "/path/to/myfile.cif.gz"; StructureIOFile pdbreader = new MMCIFFileReader(); try { Structure s = pdbreader.getStructure(file); System.out.println(s); System.out.println(s.toPDB()); } catch (IOException e) { e.printStackTrace(); } }
Lire un fichier pour en créer un structure de données personalisée
L'exemple ci-dessus fait la démonstration de la lecture des données afin de créer un objet correpondant au modèle de données structurales implémenté dans BioJava. Le code source qui suit vous permet de créer votre propre modèle de données mais il vous faudra implémenter l'interface MMcifConsumer.
public static void main(String[] args){ String fileName = args[0]; InputStream inStream = new FileInputStream(fileName); MMcifParser parser = new SimpleMMcifParser(); SimpleMMcifConsumer consumer = new SimpleMMcifConsumer(); // L'objet Consumer construit l'objet selon le modele // de structure de BioJava. // C'est ici que vous pourriez appeler votre propre modele. parser.addMMcifConsumer(consumer); try { parser.parse(new BufferedReader(new InputStreamReader(inStream))); } catch (IOException e){ e.printStackTrace(); } // A vous la structure Structure cifStructure = consumer.getStructure(); }
Pour plus d'information sur le modèle de données structurale de BioJava, jetez un coup d'oeil ici.
