BioJava:CookbookFrench:PDB:Mutate

From BioJava

Comment faire une mutation dans un fichier PDB

 // muter la structure de la proteine
 // et sauver en fichier
 
 String filename   =  "5pti.pdb" ;
 String outputfile =  "5pti_mutated.pdb" ;
 
 PDBFileReader pdbreader = new PDBFileReader();
 
 try{
     Structure struc = pdbreader.getStructure(filename);
     System.out.println(struc);
 
 
     String chainId = " ";
     String pdbResnum = "3";
     String newType = "ARG";
 
     // muter la structure originale pour en creer une nouvelle.
     // laissons la chaine laterale pointee dans la meme direction
     // en utilisant seulement les atomes Cb.
     Mutator m = new Mutator();
 
     Structure newstruc = m.mutate(struc,chainId,pdbResnum,newType);
 
     FileOutputStream out= new FileOutputStream(outputfile); 
     PrintStream p =  new PrintStream( out );
 
     p.println (newstruc.toPDB());
 
     p.close();
 
 
  } catch (Exception e) {
      e.printStackTrace();
}