BioJava:CookbookFrench:SeqIO:GBToFasta

From BioJava

Comment extraire les Sequences à partir de fichiers en format GenBank/ EMBL/ SwissProt etc., pour ensuite les écrire en format Fasta?

Pour accomplir cette tâche de conversion, nous allons modifier le lecteur de base de la démo précédente pour y inclure la possibilité d'écrire les données de séquence en format FASTA. L'exmple fourni fonctionne à partir de la version 1.3 de BioJava.

import java.io.*;
 
import org.biojava.bio.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.seq.io.*;
 
public class GeneralReader {
 
  /**
   * Ce programme lira n'importe quel fichier dans un format supporté par SeqIOTools.
   * Il prend trois arguments: le 1er est le nom du fichier, le 2ème le format et le 3ème 
   * est le type de molecule qui est lu. Les combinaisons illégales (par ex. séquence d'ADN 
   * en SwissProt) lancera une exception.
   *
   * Formats permis: (minuscule ou majuscule).
   *
   * FASTA
   * EMBL
   * GENBANK
   * SWISSPROT (or swiss)
   * GENPEPT
   *
   * Types de séquence permises: (minuscule ou majuscule).
   *
   * DNA
   * AA (or Protein)
   * RNA
   *
   */
   public static void main(String[] args) {
       try {
           //prépare un BufferedReader pour lecture du fichier
      BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));
 
           //le format du fichier
      String format = args[1];
 
           //l'Alphabet
      String alpha = args[2];
 
      /*
       * créer un SequenceIterator pour parcourir toutes les séquences du fichier.
       * SeqIOTools.fileToBiojava() retourne un Object. Si le fichier lu est un
       * alignment, tel que MSF, un objet Alignment est retourné, sinon un
       * SequenceIterator est retourné.
       */
      SequenceIterator iter =
          (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(format, alpha, br);
 
      // faire quelque chose avec les séquences
      SeqIOTools.writeFasta(System.out, iter);
       }
       catch (FileNotFoundException ex) {
           //ne trouve pas le fichier spécifié en args[0]
           ex.printStackTrace();
       }catch (BioException ex) {
           //nom de format de fichier invalide
           ex.printStackTrace();
       }catch (IOException ex){
           //erreur d'écriture du format fasta
           ex.printStackTrace();
       }
   }
}