BioJava:CookbookFrench:Sequence:Reverse

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Comment obtenir le brin complÉmentaire d'une Sequence ou d'une SymbolList?

Pour obtenir le brin complémentaire d'une SymbolList ou d'une Sequence d'ADN, vous utilisez simplement la méthode statique DNATool.reverseComplement(SymbolList sl). Une méthode équivalente existe dans la classe RNATools pour faire la même opération sur les Sequences et SymbolLists d'ARN.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class ReverseComplement {
  public static void main(String[] args) {
 
    try {
      // créer une SymbolList d'ADN
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgcacgggaactaa");
 
      // faire le brin complémentaire
      symL = DNATools.reverseComplement(symL);
 
      // prouver que cela à fonctionner
      System.out.println(symL.seqString());
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      // ce qui va arriver si vous tenter de faire une séquence
      // d'ADN qui utilise des symboles non-IUB
      ex.printStackTrace();
    }
 
    catch (IllegalAlphabetException ex) {
      // ce qui va arriver si vous tenter d"obtenir le complément
      // d'une séquence non-ADN avec DNATools
      ex.printStackTrace();
    }
  }