BioJava:CookbookFrench:Sequence:SubSequence

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Contents 1 Comment obtenir une portion d'une Sequence? 1.1 Obtenir une portion de Sequence 1.2 Imprimer une partie d'une Sequence 1.3 Code complet

Comment obtenir une portion d'une Sequence?

Il est fréquent que nous voulions n'obtenir qu'une portion d'une séquence, disons les 10 premiers résidus ou bien une section entre deux positions. Vous pourriez également ne vouloir imprimer qu'une portion sur un OutputStream comme STDOUT. Alors comment faire?

BioJava utilise un système biologique de coordonnées pour identifier la position des résidus: la première position est la position 1 et la dernière position de l'index est égale à la longueur de la séquence. Noter bien la différence avec la numérotation d'un objet String qui démarre à 0 et va jusqu'à (longueur-1). Si vous tentez d'accéder à une position à l'extérieur de la région (1,longueur), vous obtiendrez une erreur de type IndexOutOfBoundsException.

Obtenir une portion de Sequence

    SymbolList symL = null;
 
    // votre code générant une SymbolList
 
    // obtenir le premier Symbol
    Symbol sym = symL.symbolAt(1);
 
    // obtenir les 3 premiers résidus
    SymbolList symL2 = symL.subList(1,3);
 
    // obtenir les 3 derniers résidus
    SymbolList symL3 = symL.subList(symL.length() - 3, symL.length());

Imprimer une partie d'une Sequence

    // imprimer les 3 derniers résidus d'une SymbolList ou Sequence
    String s = symL.subStr(symL.length() - 3, symL.length());
    System.out.println(s);

Code complet

import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;
 
public class SubSequencing {
  public static void main(String[] args) {
    SymbolList symL = null;
 
    // créer une SymbolList d'ARN
    try {
      symL = RNATools.createRNA("auggcaccguccagauu");
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      ex.printStackTrace();
    }
 
    // obtenir le premier résidu
    Symbol sym = symL.symbolAt(1);
 
    // obtenir les 3 premiers résidus
    SymbolList symL2 = symL.subList(1,3);
 
    // obtenir les 3 derniers résidus
    SymbolList symL3 = symL.subList(symL.length() - 3, symL.length());
 
    // imprimer les 3 derniers résidus
    String s = symL.subStr(symL.length() - 3, symL.length());
    System.out.println(s);
  }
}