BioJava:CookbookFrench:Sequence:Transcribe

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Comment transcrire une Sequence d'ADN en Sequence d'ARN?

Avec BioJava, les Sequences et les SymbolLists d'ADN et d'ARN sont faits à partir de différents Alphabets. Vous pouvez alors convertir l'ADN en ARN en utilisant la méthode statique transcribe() de RNATools.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class TranscribeDNAtoRNA {
  public static void main(String[] args) {
 
    try {
      // créer une SymbolList d'ADN
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");
 
      // la transcrire en ARN
      symL = RNATools.transcribe(symL);
 
      // pour montrer que ca fonctionne!
      System.out.println(symL.seqString());
    }
    catch (IllegalSymbolException ex) {
      // ce qui arrivera si vous essayer de faire une
      // séquence d'ADN utilisant des caractères non-IUB
      ex.printStackTrace();
    }
    catch (IllegalAlphabetException ex) {
      // ce qui arrivera si vous essayer de
      // transcrire une SymbolList non-ADN
      ex.printStackTrace();
    }
  }