BioJava:CookbookPortuguese:Alphabets

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Como eu pego um Alfabeto de DNA, RNA ou Proteina?

No BioJava uma coleção de Symbol nada mais é do que um objeto Alphabet. Os alfabetos comuns na biologia (DNA, RNA, protein, etc) são registrados com o uso da classe AlphabetManager do BioJava na inicialização e podem ser acessados utilizando o seu nome. Os alfabetos DNA, RNA e Proteina também podem ser acessados utilizando métodos estáticos das Classes DNATools, RNATools e respectivamente ProteinTools.

Ambas abordagens são apresentadas no exemplo abaixo:

import org.biojava.bio.symbol.*;
import java.util.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class AlphabetExample {
  public static void main(String[] args) {
    Alphabet dna, rna, prot;
 
    //pega o alfabeto do DNA pelo nome
    dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");
 
    //pega o alfabeto do RNA pelo nome
    rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");
 
    //pega o alfabeto da Proteina pelo nome
    prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");
    //pega o alfabeto da proteina que inclui o terminador *     
    prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");
 
    //obtem os mesmos Alfabetos das Ferramentas da Classe
    dna = DNATools.getDNA();
    rna = RNATools.getRNA();
    prot = ProteinTools.getAlphabet();
    //ou com um único simbolo *
    prot = ProteinTools.getTAlphabet();
  }
}