BioJava:CookbookPortuguese:Alphabets:Custom

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Como crio alfabetos customizados a partir de simbolos customizados?

Este exemplo demonstra a criação de um alfabeto 'binário' que terá dois elementos Symbol, zero e um. O Symbol customizado e o Alphabet podem ser usados para criar SymbolList, Sequences, Distributions, etc.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.*;
import java.util.*;
 
public class Binary {
  public static void main(String[] args) {
 
    //cria o Simbolo "zero" sem anotação ou anotação vazia
    Symbol zero =
        AlphabetManager.createSymbol("zero", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
 
    //cria o Simbolo "um"
    Symbol one =
        AlphabetManager.createSymbol("um", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
 
    //agrega os Simbolos em uma Coleção
    Set symbols = new HashSet();
    symbols.add(zero); symbols.add(one);
 
    //cria o Alfabeto Binário
    FiniteAlphabet binary = new SimpleAlphabet(symbols, "Binary");
 
    //navega entre os simbolos para exibir todo o trabalho
    for (Iterator i = binary.iterator(); i.hasNext(); ) {
      Symbol sym = (Symbol)i.next();
      System.out.println(sym.getName());
    }
 
    //geralmente se registra os Alfabetos recem-criados com AlphabetManager
    AlphabetManager.registerAlphabet(binary.getName(), binary);
 
    /*
     * O Alfabeto recém-criado deverá ser registrado com o
     * AlphabetManager sob o nome "Binary". Se voce recuperar uma  instancia
     * dele usando seu nome deve ser canonical com a instancia anterior
     */
    Alphabet alpha = AlphabetManager.alphabetForName("Binary");
 
    //verifica o status canonical
    System.out.println(alpha == binary);
  }
}