BioJava:CookbookPortuguese:Count:Frequency

From BioJava

Como eu calculo a frequencia de um simbolo em uma Sequence?

Uma das classes mais úteis no BioJava é a classe Distribution. Esta classe é um mapa de frequencias referentes aos simbolos. As distribuições são calculadas com base nos simbolos observados utilizando-se a classe DistributionTrainerContext. Esta classe, por sua vez, pode treinar diversas distribuições registradas no contexto compreendendo os simbolos de qualquer alfabeto.

O programa a seguir demonstra o treinamento de 3 (tres) Distribuições com sequencias de 3 (tres) alfabetos diferentes.

import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.dist.*;
import org.biojava.utils.*;
import java.util.*;
 
public class Frequency {
  public static void main(String[] args) {
 
    try {
      //Cria uma SymbolList de DNA
      SymbolList dna = DNATools.createDNA("atcgctagcgtyagcntatsggca");
 
      //Cria uma SymbolList de RNA
      SymbolList rna = RNATools.createRNA("aucgcuaucccaggga");
 
      //Cria uma SymbolList de Proteina
      SymbolList protein = ProteinTools.createProtein("asrvgchvhilmkapqrt");
 
      SymbolList[] sla = {dna, rna, protein};
 
      //instancia a classe DistributionTrainerContext
      DistributionTrainerContext dtc = new SimpleDistributionTrainerContext();
 
      //Cria 3 (tres) Distributions
      Distribution dnaDist =
          DistributionFactory.DEFAULT.createDistribution(dna.getAlphabet());
      Distribution rnaDist =
          DistributionFactory.DEFAULT.createDistribution(rna.getAlphabet());
      Distribution proteinDist =
          DistributionFactory.DEFAULT.createDistribution(protein.getAlphabet());
 
      Distribution[] da = {dnaDist, rnaDist, proteinDist};
 
      //registra as Distributions no treinador
      dtc.registerDistribution(dnaDist);
      dtc.registerDistribution(rnaDist);
      dtc.registerDistribution(proteinDist);
 
      //para cada Sequence
      for (int i = 0; i < sla.length; i++) {
        //conte cada Symbol na sua Distribution apropriada
        for(int j = 1; j <= sla[i].length(); j++){
          dtc.addCount(da[i], sla[i].symbolAt(j), 1.0);
        }
      }
 
      //treine as Distributions
      dtc.train();
 
      //imprime os pesos de cada Distribution
      for (int i = 0; i < da.length; i++) {
        for (Iterator iter = ((FiniteAlphabet)da[i].getAlphabet()).iterator();
             iter.hasNext(); ) {
 
          Symbol sym = (Symbol)iter.next();
          System.out.println(sym.getName()+" : "+da[i].getWeight(sym));
        }
        System.out.println("\n");
      }
 
    }
    catch (Exception ex) {
      ex.printStackTrace();
    }
  }
}