BioJava:CookbookPortuguese:Translation

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Como eu traduzo um SymbolList ou Sequence?

Para traduzir uma sequencia de DNA você precisa fazer o seguinte

• Transcrever para RNA.
• Adquirir uma (codon) usando SymbolList.
• Traduzir para proteína.

Quase tudo isto pode ser alcançado utilizando métodos estáticos de classes especiais do BioJava (Classes Tools). O bloco de código a seguir demonstra o procedimento este procedimento, obviamente se você já tem uma sequência de RNA não há necessidade de transcreve-la.

NOTA: se você tentar e criar uma 'triplet view' em uma SymbolList ou Sequence e o seu comprimento não seja divisível por três, será disparada uma IllegalArgumentException.

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class Translate {
 
  public static void main(String[] args) {
    try {
      //cria uma DNA SymbolList
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");
 
      //transcreve para RNA (após biojava 1.4 este método está obsoleto)
      symL = RNATools.transcribe(symL);
 
      //transcreve para RNA (utilize este método após biojava 1.4)
      symL = DNATools.toRNA(symL);
 
      //transcreve para proteina
      symL = RNATools.translate(symL);
 
      //mostra que funcionou
           System.out.println(symL.seqString());
     }catch (IllegalAlphabetException ex) {
 
 
      /* 
       * isto acontecerá se você tentar transcrever uma não sequencia de DNA ou traduzir
       * uma sucessão que não é uma triplet view em uma sequencia de RNA.
       */
       ex.printStackTrace();
     }catch (IllegalSymbolException ex) {
      // this will happen if non IUB characters are used to create the DNA SymbolList
       ex.printStackTrace();
     }
   }
}