BioJava:CookBookItaliano:Translation

From BioJava

Come posso tradurre una Sequenza o una SymbolList di DNA o RNA in una Proteina?

Per tradurre una sequenza di DNA bisogna seguire i seguenti passi:

• Trascriverlo in RNA.
• Dividerlo in triplette.
• Tradurlo in Proteina.

Innanzitutto diciamo che per realizzare questi tre passi basta utilizzare i metodi statici di classi già presenti in Biojava. Il blocco seguente di codice mostra come funziona questa procedura. Ovviamente se si ha già una sequenza di RNA non è necessario trascriverla.

Nota Bene:Se si cerca di dividere in triplette una SymbolList o Sequenza la cui lunghezza non è divisible per tre viene sollevata una IllegalArgumentException. Segui questo link per scoprire come ottenere una porzione di una Sequenza per poi tradurla

import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
 
public class Translate {
 
  public static void main(String[] args) {
    try {
      //creo una SymbolList di DNA
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");
 
      //lo trascrivo in RNA (dopo la versione 1.4 di BioJava questo metodo è deprecato)
      symL = RNATools.transcribe(symL);
 
      //lo trascrivo in RNA  (dopo la versione 1.4 di BioJava si usa questo metodo)
      symL = DNATools.toRNA(symL);
 
      //lo traduco in proteina
      symL = RNATools.translate(symL);
 
      //verifico
           System.out.println(symL.seqString());
     }catch (IllegalAlphabetException ex) {
      /* 
       * Questa eccezione viene sollevata se si cerca di trascrivere una sequenza che non è di DNA o tradurre 
       * una sequenza che non è una triplet view di una RNA Sequence.
       */
       ex.printStackTrace();
     }catch (IllegalSymbolException ex) {
      // Questa invece accade quando non si utilizzano i caratteri IUB per creare una DNA SymbolList
       ex.printStackTrace();
     }
   }
}